Higgs P. - Bioinformatyka i ewolucja molekularna.pdf

(34785 KB) Pobierz
-r
Pau! G. Higgs
res a K. Attvvood
Redaktor naukowy przeldadu
Krzysztof Murzyn
Z
języka
angielskiego
Krzysztof Murzyn
Piotr Liguzi11ski
Marcin Kurdziel
przelożyli
WYDAWl'-llCTWO l'-IAUl<OWE PWl'-1
W/\RSZAWA 2008
iJms
·tneści
Przedmowa.
1.
Jl
ewoluGja infonnalyczna
w
naulrn1:h bionrnclycznych
1.1. (
.
iwallmvny lll'/)'l'llSI
1
1
}~·l
_.
I l
1
-
.
'
-
, :
:tll\'l'
1
l
I ..'. (
"-·1u1111ika i le
·I
·1"
1
.
. - - .
.3.
( '1.y111 _icsl
hi<1i~i;:::.: ":;·;·,:;;:.'.'"Pri.L'.pusl<11i·c
1.1. /.wiwki 111i1'd1.v "<'tl('l;. 1 .
· - - ·
:
· · · · - · - · · · - - -
,_,.,
1.1.
f _
·1·,-,,„111· l1-1·s·1",,,-,·,· - "'
\l"f'll
1
acy_111;1. c11·<>luci:1 u1"lckul:uua
1.·1„2.f<:lvoluc". „ .. - · -_· _- - - - · · ·
)_Jlll
P"iisl:llv)· l11u111fon11al_\'ki
l.ilnalur:1
Zada11ia
1
111
Il
,
;1
,,,.,,.,I
)łlllld!lrl!l:ll_\'I
..
I',
I:
l<I
'"
'"
')
'I
li
'"
\/
-IO
1„
I
1
I<>
dl
'-'
3. [
:wolucia molelmlarna
i
nnnnlylca
JlOJllllacyina
:LI. (
·/.ylll
.Jc>~{ t~wol11cj:i'.'
.U.i\1111:wjl'.
-
3.3.
/.111ien11o<1.· . . . . . . · · · · · · · · · · · · ·
~ek
wcnl·ji
wc\\'11·111·1
i·
I
hl!Hl\'
1
I
/._\'
.
·
'
,ti,al1111L;1111i
•11
Spis lroi;ci
\li
\„\.
I
)r;t·wa
h7
(i7
11')
71
VII
1115
ltl7
1
·-1')
153
155
15(>
l."i8
161
162
)~,l·nealogic1.nc
i
koak~~cc111.j;1
\ .1.1. 1\da111 i !'wa
„
·,·.I..~.
!Vlrnkl pron:s11 koaks•_·,:11cp
„
·
· · ,·.nowych
11H1l<1CJI
.~.'.'1. l..'._u1.pr1.c~1tr1.L'Jl!OllHC si~,
..
t .,
ln.vch
_\.'i.
I.
Utrwalanie si\: 11111t:1c_11 11c·11 1,1 ._
.\.'.) ..
~.
Syn
1
11!acfi ( 1
Y u
F.L
i,,{),
.: · ·,
\.:i„\.
Wpn>\l'<lllienic sckkcp · · · · ·
.l'.w"l1H'.·la 11t·111ral11a i duh,·1r nat111-;i\11)'
.
. \· r
-.
· · · ·
'llClYl'/l\t'!!O I
u\rWalillll•I
Il)
111·1t:'i
'
J
..... .
71
T'.
n
Tl
I
.i11:ratm:1
'/.ada11ia
i!.
Wlmleh; ewolm;ji molclmlanmi
," ,. ·I
!
•
1.:"1
I.
I. 1vl1Hkk
l:\\'oluq1 ,)l
\\\t
Il
.1. 1.1.
!)11
t:/.t'.)1.u
;.<\
pol11d11H'
. .
.
.
kw~\:.ow
u11kle1110\vyd1 . . . .
.I
I ·I· . ioltwji
~-;cL\\'cncji'!
.
'i ..'i
..'.
J'l(OSITH
."i.:'i.:l.
l'RINTS .
5.5.•I. Sirnktura rdDn\11
w
liazie danych l'RINTS
5.'.i.5. lllocks ..
5.'i.<>.
l'IONTS
w
reprezentacji blokowc:j
5.5.7. Profile
."i„iX
l'l'arn
55.'>.
clVIOTil'.
5.li. '/.\o)'.<>11c ha1.y da11yl'\1 w1.orcmv sekwencji hiakk.
:i.li. I. l111nl'ro
.'i.h.'.2.
S1rnkt11ra rdon\11
w
bazie danych l111erl'rn
5.7.
lla1.y da11ych strnklur biakk
'i.I.
I. \'Ilf\
:i.I.>,,.')('()\'
11>2
j(,rj
<)()
.\. \
.2.
1Vlrnh:l .illk1·sa ( ::111!,>1«1 . . . . . :.. : . ; .· :.:
I I \ \\ard1.1c11Jw.o11c ium' ·
.. · I
;yc·i·H'h w sckwcnc)I
·
·
·(i
Il'\ roz11yc 1 pn · '
·
· ·· ·
1
I I
.·I.
R<>inc 1e111pn I"" stawie
„ '.
.
.
.
....•...
.. ' ' '
,;, \ ·\
1'1\IVI
('\VlllUL'ji s1-kw1·1H'JI \11akk
·1.-~.
I
·
rn
e-
,
·
I
v·
1
sowyd1
.\.'.?..
I.
'/,liczanit' prnlstawicn anHnn
\:.
\ · . ·, ,"
. .
..
\·I ·wo\licp sek
w'
11c.11
l
········
I
klill\OW:l\lll ll\IH L
I
li
l
.
1'd·s1c
ot
li.
1.
1
l1>s'1··1
L'l\10\UC'1.111c
i )
.
.
1._'
J.
•
•
I.
'.„\.
l'.kstrapolacp inodc 1\11.1 "I; ';i
:'/li'\
,11'~
a111i11okwas<'>w .
I.\.
f\l;i1:icr1.l~
p1111Ltac.ii
r/ri.111c:i
ogary n
L .
t
'
• • •
• • .
• •
l .. LI. !Vlacil:r1.1; i>AIVl · · · · : · · · '. · ·
. ·; '.-.
'~)~cia·n~i ~uninokw:ts{)\V
·
I.
~.'.?„ '/,wią11•k
/. li1.ykul'ill'llliL''/.ll)'llli
w
1
I\\ .
.1st
. ....... .
I.
U.
[V\aci,;r1.c \li .OSI !tv\
.
1.itl·r;1tura
'/,ad;111ia
Test
,·lN/\.
l·kcwo\ucpstL\\LIK,11
\lHH
t
t
t.\\
.
. ..
')J
..
<)(>
'IX
\()()
'i.7.:\. <';\Tl I
:i.!.-\.
l'DBs11111
5.~\.
Inne hiologkz1w h:11.y d;1nych
I .i11·r:i1ura
11>6
I
Mi
1<>7
I
(>8
\(Jl)
170
17:'.
17<>
17(>
180
6. l\lgnrytmy wyznaczania clo1rnsowmi sr.kwr.ncji
<LI. l
'u to
jt'SI
alp.oryt111?
\():\
\()'/
107
I 0')
111
I
I<>
117
118
121
121
\2\
5. Zasolly informacji o
nonach
i
hiałlrnGl1
). I.
!'o co
iwou.yć
ha1,y danyd1'! ·
:i.
s1rnkt111-:1 rL'kord1'•w
\V
bai.ach da11ych
i .. ).
,l)azy d:uiyi:\1
s(•kwencji n11klcotydowych
1.arys prnhlc11111 .
il.2. I l"pasow:111ic pary se\. wcncji
h„~.
I
)opasnwanic pary Sl·kwencji
metody
progrn111ow:mia dy11a111icz11egu.
11.:I. I. ;\\gory1111 I
dopasowanie glohaluc
1.
liniową
f'unkcj:\ kary za przerwy.
<>
'.\.'.'„
i\lgoryln1 '
dopasowanie lokalne
1.
lini<>w:i fnnkcj:i kary za przerwy
li„\„l.
/\lgoryl111 .\
11<>gi'il11io11a
postać
f'unkcji kary za przerwy
i>.3.'\.
i\lgoryl111 ·I ;1linicl.lla funkcja kary ;a przerwy
(i„\. Wplyw sys1cn111 p1111k1acji na d<>pasowanie . . .
<i.5.
Dopasowanie wiclosckwcncyjnL'
<L.5.1.
Prop,rcsywnc
dopasowanie
wiclosckwencyjnc
li.5.2. l lkpszcnia a\gory111111 wy1.naC1.ania progresywnych dopasow;11'1 wielosckwc11cyjnyc\I
(>.5.3.
Najnowsze
"si:wnięcia
w
1ne1rn\:wh wyznaczania dopasowa1'1 wiclosckwcncyjnych
l_.i1erat11rn
1x:1
I 8:l
186
187
188
l'JO
1')3
19J
199
201
\2)
125
'/.:ulania
20„1
.'05
207
.'.07
207
212
215
-~
I I>
220
L'.O
:;1.1.
\'.l\!ll\I.' ' ' ' ' ... ' .• ' '
';L'jl
1:~i1i1.
·1„\.2. S1n1kt11r;1
rl'l"onłu
\\' ba1,1c dany
,
,
·; l \
<
i<·1dlanL · · · · · · · · . . . . .
j
~:
.,; ;
j
11
\
„
. . .
Str11klt1r:1 rcknnJu
w
hai.il' dany«
I
i1..·11
t
:i..\.-1.
:i.:U.dl>l'.ST
'i„U1. I lll\\J
>„U.
11'-!Sll
'-,_.\ \',azy da11ycli sd,wL'llCji l>iakL
·1.-\. \. 11 is1ori:1
·>.-\.'.\'li'
127
128
7. Pmiszuldwaniu !Jaz da11yi;h sel(wuncji
7. I. IVl«todv wys1.11kiw:111ia podobnych scL wcncji .
·;. 1.1. Metoda Srnitha Watennana
7. 1.2. lleurys1ycz11c 111c1ody wyzn:ll'rnnia dopasow:ui loka\11ych ·
·1.
I .. \.
1is1
Hl ,/\ST
7. \
.:\.
\'oniwuanic 111v1od 1ir1.t:sz11kiwa11ia
7 ::. Statystyka dopasow:11i (\\'teorii I
7.,).1. I>laczcgo
Zil\\'J"ac;H~
sohit;
głO\\'\' :~tatyslykq'.>.
I
')
l'rnsty przypadc:J, dopas<>wa11ia pary sekwencji
·;
2.~\.
Prosty
pu.ypadt~L
pu.es1,ukiw:inia hnzy sekwencji
7.
!.·\.
l'rzyldadowc dopasowanie sl1iw .
7.:1.
S1a1ys1yka dopas"11-:11i 1
w
prnktycc:I
I .itcra111ra
Zadania
')
.
.
\29
Ul
1:12
1:n
\'.\il
\.\•I
t:l'i
F1\STi\ i
HL/\ST.
U6
i.Hi
n1
222
'.)2()
·i.-U. 1\-\ll'S
') .. l.·I.
Swiss--Pn
1
I
·) .. !,:).
~~1r11kt11ra
· · · · · · · · · · · · ·
~,.
l"l'l,1inl11
w
ha;ic danych
,'Jw1s~)
: .'.
p··o·I .
I
I 17
1•10
1:\l
:i.-U1.Trl'.fl·ll\I.
:\.·I.I.
\'\Iż
i'll" .\\
l
5.-1.g. l
l11iPrtll . · · · · · · · · . . . .
.•. :·•. \\a/V d: 111 yd 1 1»d1.i11 l>iakl. ·. · .' · · ·
'.).:)_.I.
\{_lllil
h~ti.
dan:.,idi
rDd1.111
h1akL
\.f\
229
23.)
l•Ll
\:I'.\
:;3 .. \
:~.
\.
\
'\bi
Bpls
VIII
lrnści
I)(
1O. Metody 1irobabilistv1:zne i nauczanie maszynowe ...
8.
Mr.lody lilooenetyczne .
)\.I.
/,rozu111icć
drzl'WH liloge11etyc1.11e
li.2.
Wybór sekwencji ..
lL\.
Macierze
odległości
ewolucyjnych i 111etody analizy skupisk.
li ..\. I.
Wy1.11ac1.anie
odległości
ewolucyjnych .
iu.2.
Metoda
średnich
pol:1c1.e1i .
8.3 .
.l.
tvletrnla prrylqa.ania s:1siadów
8.·ł.
:'.\<>
.'.·Ił
2·J.\
.'.·!.\
,1;1·1
I O. I.
/.astosmvania na11c1.:1nia 111:1s1v11mv '"
I
0
. . . . . . . : . . . . . . . .
I O..'..
l'rnh'lbilislyc;
I I
. ·.
L,..ll l 1<l!.poi.naw:una wi.orn'i\\'
IV
hioi111'un11aly<·i·
1
I O
J
'I Il . . . .
1Clllol e ,. sek wcncji
poj\'cia podstawowe
.1.n
J.H1
.\.\(,
·'·l°I
251
.''.i·l
.'.5·1
10 ..\.
Metoda bootstrap
B.5. rv1ctody oplymalizacji du.ew
i
1nctudy poszukiw:11iia drzew
H.5.1.
Kryteria ocl'ny drzew
8.5.2.
l'orus1.e11ic si\'
w
pr1.cstr1.cni dr1.ew
H.(L
KrytcriHlll
najwi\~k:~1.c.i wit1ryg<nl1H)ści
8.7.
Kryteri11n1 parsy111onii
~~
7 .1.
l'arsynlllnia
i
cechy
111orfolugic1,11c
H.7
.2.
ł'arsyrnonia
i
dane n1olekulan1l'
B.7.~L
Por<'l\vna11ic ml'.lody
pt1rsyrno11ii
i
11ietody
H.H. Inne metody r.wiqzane
/,
na.jwi\~ksI:t
8.8. I.
Metoda
układania
u.wórek .
l55
2)};
/(}:~
11)..1.
.'.,<)}.
lllS
:>(,.\
wiary!~od11ości<1
11ajwi\~ks1t'·j wi:1rygud11ośl'i
.'.(>)
:'.<>7
.'.(J°/
2hH
2N!
}LH.2. Bayesowskic 111elody filoge11elycznc
8.8.:\.
Metoda Monte Carlo dla la1k11chów MarkO\Va
8.8.'1.
l'rzyklad 1.astosmvania 111etody
M<
'tvl( ·
.itcralura
2'1:'
[/(J
10.r..
.
(
·.·~·--·
raw,<. opodohie1lslwa a priori uraz a posll'riori
1
).~
..\. Dolmr par:1111ctrów 111ndcl 11
Wprowad1.L'llic do 11krytych n1odcli
~,1°,11:k;1:„;,
;I
;;l~·I·):
IO ..\. I.
1\,11·'".ll'k
Markowa i korelacje w sckll'L'llL'.iad1 ..
IO .. \
1
I
1
osy
Ili<)(,.
I I
I
MM/.
dwo111a stan:1111i ukryl\'111i
t
I
10 ..\ . .\.
IJohor par:1111«tr<iw w 111otlcl11
I IMM
.
HU.·I.
l'r1.yklady . . . . . . . . .
l'rolilowc 11kryle lll()(lck l\·larkm:·a· · · ·
Sit•ci 11·.:i11\llloll'<'
I 0.5.1.
Idca sieci 11t·nrnnowvch
10.'i.2.
K, I
· I
.
. ....
'' uw:1111c' :111ycl1
wcjściowyd1
I O.'i ..\.
l'ojcdy11c1.v 11<·t1rnn
·
IO..'i.-1.
l'ercep1ru 1
;
.... · · · ·
I 0.5.5.
Siet·i wil'lmvarstwmvc
IO .
.'i.(i.
Wy111ag:111a lio.ha
i1t·llro',H~ll~·.
Sieci lll'Uro11owc i Jlrl
.t
.1
\
H1
.
· · · · · · · · · · · · · 111··11 ·
yw:m1c s1n1kt11rv· dn111orz1.:d'''''''I. · · · ·I· ·
··-·
IO.,
·1
·
p
ota;,y
w1ary1!od11u.~l'i
. . . . . . . . . · · · · ·
I
•
:1.11
.\.\!)
.1.1.1
.Ili
1·1'.>
.\.li
J'.)()
_\(J(J
„
.'Tl
}~,_-,
I
/'.ad:111i:1
,11l'ral11rn
. . .
·
1~
.\(Ji
Y/11
_\°/(,
"
.
•
t \
Zad:mia
'ksi
1·1. Wybrane za!Jadninnia nwolucji molr.lwlanm1· i
'
·malizy 11·10
!JOi!()
t
'fC:ZIWJ
.
.
'
'
I 1.1. Struktura. i l'Wolucja l{l,lt\ . . . . . . . . . . . . .
I I I I
"11
·
·,
· ·
I
· ·
„ · · „ · · · · .
. . •
L
1
.1111Ln11osc ( rugorz.rdo\vcj
s1nil·1urv
l'N \
' . , .·
„.
I
I. I
•J
I'
I·[· .· .
.
'
. '
I
\\ ( /.
.!Sil' l'\\'l)lil('p
..... ()( s ,J\Vll'lllll l,<llllPL'nsacyj11l' i n1ctoda portl\\'11"\Vl'/'l
.
11.1 ..\.
l'mlstawmw infonn· ". o stru 1
. dt1r1.c dr11gori.\'W>1\l('j·' RN/\·
· ·
. ..
.
. .
291
.~<J'2
9. wzorce sr.l\wencyjne w rodzinach
hiałeł(
'I.
I.
l'r1.es1.ukiwanie ha1. dauycli sekwencji wykrno.ajqcc poi.a :u1ali1.\' dopasowa1\ par :,ckwcucji
9.2.. Wyrni.enia regularne
<).2.
I.
lklinicja
wyrał.c1\
regularnych .
t).2.2. Vv'yszukiwanie sekwencji na pods1awit• zada11l'go
wyrai.cnia
regularnego
'J.2.:l.
l{cg11ly.
'J.2.'l. Libcrnl11c wyrni.cnia reg11lar11c.
<J.:1.
Ślady
sekwencyjne ..
9 .. \.
I. Definimvauic
ślad<'iw
.
9.3.2. Rola 111acicr1.y podstawic1\
w
dcli11iowa11i11
śladu
'l.J..\.
Wys;.ukiwanie S<:kwcncji odpmviadaj:1cycl1 zadmien111
().,I,
2'!.\
2.'!5
',?,{_})
II
śladowi
rod1.i11y hiakk
'.'.'J7
2'!')
\Ol
.)01
.:_, I
>op.lsowyw~m1e lll(ldt~l1
cwol , ,· '·I
I
1.2.1.
W h..
,
. llLY.Jll)' l. do da11ycl1 ckspery1111·111al11ycl1
l
··1 ) )
~
o1 rnodt
1~1
Ilu p:ir:tl!H'lrow
rzeczywiście
potrz.t·hLJt·mvi
1
„
1 I. I ..
I.
~1.iksyniah1.:1qa
liC1.by sparowanych 1.asad
·
I 1.1 ..
~.
I odL'JS<.IL' hard1.icj rl'alislyom·
11
I (J Wplvw tcrn 1
·1 · ·
· · · · · · · · · · · · · · · · · · ·
'
y11a1111 d ll:l l'll'lllllcj\' sck wciicji RN;\ ..
"'.i'
„:
. . '"'
.
\
t\,
ll()
••••
Profile
i
pozycyjnie
:.r.n'1i.nicowanc
11iacier1,e
punktacji
lJ ..
1.1.
1··;··-· 1,al aniclry1.:1qa llH1tlt.:li pods1awie1\ a111i11okwasowvcli
.
.
1
1..... 3. I
odst:iw1c1u;1
sy11011i11Jicz.11c
i
nicsy11011i111ic:111e
11. \. /.astosowa11ia a11ali;.y liloi•<'IJet\'L'/.1iei
·
· ·
I 1.3. I.
.I
·
.\'ri
·11111
.[()()
llloki.
'J.•1.2. Wys1.ukiwa11ic sekwencji odpowiadaj:1cyd1 zada11<·11111 blokowi
:im
Radi;1cj~1
ssaf·d'>w . .
. ·.
·
:mr1
:\O(>
<!Jl.3.
l'rnfilc .
<J.5.
Przykład
receptory spr1.1'.iD11c z bialk:1111i
(i(< il'CR) .
'J.5.1.
('o to sq 1\:ceptmy sprz\0.lln<· z hialk:1111i ( i'I
.\06
.\06
.\W~
1 I
.:\.2.
Typ: wic:lokrn11<·Jrkmvcc
11
.1 .. l. l'.wolucja j:1drowc1iw
I I ..\. I. l1111t• pr1.ykl:idy.
I .itcr:llnra
.Jtl'\
.i(f/
1rn:
1111
111
11.1
1
1
:
1.5.2. Skqd w1.i1:ly si1
<il'CR'!
1
1.5.:\.
Ortnlogi i paral111>,i ( il'C'R
'i.5.·I.
Dlau.c·go
UPC
'R
s:i i11tcrc:;nj:1cc'! }{ola bioi11forn1atyk1»w w Jiatla11iad1
(li'<
'I<
11.5.5. Wykrywanie pndobie1\stwa sekwencji
'J.'i.(i.
Wykrywanie
pr1.ynal0.11ości
do rodziny
1
1.'i.7. t\nali;.a
(il>('}{
9.5.g. l;u11kcjonalnc
1.11ac1.c11ie 1.csta\\l(,l\V
1'L'cl1
n
I .itcrat11ra
/,at1"11ia
Tcsl
:\OlJ
.\IO
12.
Ewol11cj;1
nenomu
I.~.
.\li
.\!:\
\16
.\20
1
/.jH>1.1l:1wc/,ych.
T22
.Ul
I. (
ic11u111y
bc1j;1dr11\\'L'O\\'
I':!. I. I.
Ponl\v11ywa11ic ge110111<'nv
-h~·;.j,;d~-(;\,:L,;.,;,.·
I:?.. I.') l
ltr~1lH
i
rcara
11
i~icja
1
1,l'IH.J\\'
.' : . . , .
12.1 .. '.
[)~1plikaLjll
l!L'IH,l\\'
nra1. po1.iu111y
traw.kr
~~L'JH.iw
l2..l.·l.WykrvlV'111icidnr·l·1·· I
y
I
~;i
po1.10J1H'}!O
transl'<'nl
.!.~t'IJO\\"
·
·
· · · ·
I.?.. I .."i. SI_" .· ... · .
. '
.i\~
iys
· d1p1sk.1 p1 up
ortolog1<„·;,1iydi . . .
111
li
i
1.'-1
·l.'I
.I\.'
I.'. I .<J. l'ilol-',L'IH'I.)' wy111:1c1.mlL'
n:;
l""l:,l:l\\„ic :1n.il,i1.·)..
. . . . . . . . . .
..
Sl'k\\Tlll'ji
.
\\'~.p11l11yd1
.
~
1
.l'łlll\\'
Spis
treści
){
I'
( ie1HJ111y or1.1a11clli . . . . . · · · · · · · · · · · · · · ·
I
)„~.
I. Pm.'liod1r11it: n1i1ncl1<J1Hlri<'•IV i diloroplasl1\w ·
\
'.?„~)„2.
!·'.wulucja
J\0111órck
ji1drowców
I
.~.2„\.
'1'ra11sk.r
g~'.1H)W
orga11clli do jt1dra
I
.:.~Jl.
fVll'<:ha11i1.111v
reara1ri.ac.ii )!,l'lltlw . . . · · · · · · ·
:
· : : · · ·, · ·
I L25. Filngem'./,y
~vyznac1.anc
na podstawie a11:ili1.y kuk.1nosc1. gcnow
-15·1
-15·1
15'.i
-15
1
.1
-111-I
I
,ilc1111ura
1:i. IVlilmunac:imrn llNll,
urnv
i om
i
lei
1.L I. Orny
i
0111iL.i
\
.\.:~.
Tvci1nil,:1
badaii
111ikro1uacierzuwych
I.\ .L
Nor111ali1.acja danych
/.
ini!...rornaciL'l'Z)'.
I
;,.1.
\V
1.orce
w
danych
rnikrrn11acicr/.nwych
..
1
_11 ••
1.1.
Vv'ykry~vanic
istot 11 ych 1.111ian
w
po/1rn11ach ckspres.11
J
-1<"1
-lli'i
-l(i')
.\.-1..'..
1\11:iliza sk11pisl.
........ ·
·
· · · · · · .· · · · .' · · ·
I
\.•I..\.
/\n:iliza skladowycll ;•l<"•w11ycli i rw.klad warl<>St'l osobl1wyd1 .
1.L·l.·I. Techniki
naucz;111·1a 111asiynoweeJ)
13.:i. l
1
rl)tcrnnika
I .IS I.
Rmd1.ial i idc111ylikacja liialek
I
\„~„'„
Kilka pr1.ykladt'1w liadai"1 prolt'.0111io.11ycll
1.\.5„\. (
ldd1.i:dywa11ia hi:ilko liialko
I
.~.li.
'/.arz;1d:t:111ic danyrni \\'
D1n:wli
-171\
·17.\
.ff\
-175
I
:111·r;1t 11rn
'l\-,,1
·llJ7
IJoilalel< 111atn111alyt:1.11v .
!VI. I.
Polit~.Pj
i
lugarytrny
M ..
1 .
Silnia.
i\U.
S111ny.
M.-1. llonyny
fvLS.
Pc·n1Hllacjt·
i
kn1nhinacjc
fvl.<i.
Rt'ii.nic1.kl1wa11ic
i\·IJ (
':tlkow:111ic
fvl.~C
l\t'>w11ania
rt'>i.11ic1.k(1\Vt.'
IV!.'l. l{m.klad
dw111J1ia11mvy .
M.10.
Ro1Jlad 11orn1:d11y
i\!. I I.
J{(J1Jl:Hl
l'ois;:<>1i:1.
1
IV!. I
.'„
Rm.klad ,\"
1Vl. I.\. !•'1111kc.ia
gallllll:I
i
n11.Llady
ga111J1l:t
I
.i1i.·ra111r:1
'/,;1da11ia
'ksi
-1'!7
·1'!8
-19')
:)()()
500
501
.~IU
:1<H
505
:10(1
:>08
:'ilO
512
:'i
I.I
5 Il
:1
I :I
Wvlwz atlrnsów
i11l!mwtowyel1
'i
18
Slownii:wl(
."\.'(•
progra111y
k~;1.talce11ia
w 1.akresie bioiul'ormatyki ua poziomie magister-
,;kirn lub licc11cjacki1n s1aj<1 si\: cora1. hard1.icj pows1.ech11c, a pojedync1.e kursy bio-
inforinalyki luh hiologii ohlic1.euiowcj
1.11ajdują
si1; w programie wielu specjalizacji
na kierunkach ks1.lalccnia studentów uauk biologicznych. Niniejsza ksiq7.ka 1.aspuka-
ja
potrzchi,~
ist11icnia podr1:c1.nika 1.awicraj:1cego omówic11ie zagadnic11
o
kl11c1.owym
1.11ac1.cni11 w hioinl'onnatycc.
'v\I
ksiq7.ćc
prZL'.dstawiono
najcz~>ścicj
stosowane rnctody
ohliczcniowc orni. icli 1.as(osowania we
wsp(i!C1.cśnic
prowadzonych badaniach nauko-
wych.
Zawartość książki
odpowiada programowi nauczania bioinformatyki 1ia poziolllie
magisterskim, jaki ohowiqzujc na
UniwcrsyteciL~
w Manchesterze (Anglia) oraz wykla-
do111
z biologii oblic1.eniowcj prowad1.onym na poziomie licencjaekirn na Uniwersytecie
McMaster w Ontario (Kanada).
Wiele z kluczowych 1.agadnicil hioinrornrntyki, jak np. dopasowania sekwencji, wy-
szukiwanie sekwencji homologicwych i konstrukcja drzew filogenetycznych, jest po-
wi:v.anych z cwolucjq. Poznanie
krnnpłt:tnych
sekwencji gcnolllliw
dostarczyło
ogrom-
nej
ilości
danych, które
u111ożliwiaj;1
prowadzenie batiar\ ewolucyjnych na po1.iornie ge-
1H1111owyrn, i
wymusiło
powstanie odpowiednich metod hioinformatycwych. W
ksią7.ec
polo7.ono du7.y nacisk na orn(iwienie ewolucyjnych aspe.Inów bioinformatyki, umicsz-
czaj;ic w niej
treści,
które nic
wyst\~puj;1
w innych
podręcznikach
bioinformatyki. Dzkki
temu ksi:J7.ka
inoŻL> być
równic? wykor1.ys1ywana 1rn kursach ewolucji molekularnej.
Rozd:t.ialy
książ.ki poświ\.'.COlll'
bioinformatyce
wyjaśniaj<) potrzeb~
stosowania me-
tod oblic1.e11iowych w dobie sekwencjonowania
całych
genomów
<mu.
prowadzenia wy-
sokopr1.cpustowych bada1i ekspcry111entalnych. W lej
części ksi;1żki
om<lwiono zasoby
glt\wnych binlogic1.nych baz danych oraz przedstawiono metody wykou.ystanc do ich
twor1.cnia i przes1.ukiwania. Szczcg(Jlowo opisano algorytmy wyznaczania dopasowa11
sekwencji, wykrywania
konst~rwalywnych
motywów w rod1.inach
białek
oraz metody
ro1.po1.11awania w1.orców sekwencji 1.a po11mc;1 ukrytych modeli Markowa i sieci neuro-
nowych. kde11 rn1.dzial
poświ1,co1m
01nciwic11iu 1.agadnic1\ 1.wi;1zanych z a11ali1.:1 danych
z ek;;pcryment(iw mi kromacierzowycl1 i prnteo1nicznych.
l~w.d1.ialy ksi;1żki poświ1'.co1ic
ewolucji 111olekularncj ohejmuj11 krótkie wprowad1.c-
11ic do genetyki populacyjnej i hada1i
zmienności
sekwencji
wcwnątr1.
populacji i
111ięd1.y
Ku111płcksowc

Plik z chomika:

Inne pliki z tego folderu:

Inne foldery tego chomika:

Zgłoś jeśli naruszono regulamin