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Python course in Bioinformatics
by Katja Schuerer and Catherine Letondal
Python course in Bioinformatics
by Katja Schuerer and Catherine Letondal
Copyright © 2004 Pasteur Institute [http://www.pasteur.fr/]
Introduction to Python [http://www.python.org/] and Biopython [http://www.biopython.org/] with biological
examples.
The picture above represents the 3D structure of the Human Ferroxidase [http://srs.ebi.ac.uk/srs6bin/cgi-
bin/wgetz?-id+4SU6q1IomZ3+-e+[SWALL:’CERU_HUMAN’]] protein, that we use in some of the exercises
in this course.
This course is designed for biologists who already have some programming knowledge, in other languages
such as perl or C. For this reason, while presenting a substantial introduction to the Python language,
it does not constitute an introduction to programming itself (as [Tis2001] or our course in informatics
for biology [http://www.pasteur.fr/formation/infobio/infobio-en.html], with an online programming course
[http://www.pasteur.fr/formation/infobio/python/] in Python). What distinguishes this course from general Python
introductory courses, is however the important focus on biological examples that are used throughout the course,
as well as the suggested exercises drawn from the field of biology. The second half of the course describes the
Biopython (http://www.biopython.org/) set of modules. This course can be considered a complement to the
Biopython tutorial, and what’s more often refers to it, by bringing practical exercises using these components.
Contact: help@pasteur.fr [mailto:help@pasteur.fr]
Comments are welcome.
PDF version of this course [support.pdf]
Table of Contents
1. General introduction
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1.1. Running Python
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1.2. Documentation
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1.2.1. General informations
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1.2.2. Getting information
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1.2.3. Making documentation
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1.3. Working environment
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1.3.1. Emacs
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2. Introduction to basic types in Python
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2.1. Strings
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2.2. Lists
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2.3. Tuples
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2.4. Sequence types: Summary
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2.4.1. Lists and Tuples
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2.4.2. Xrange types
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2.4.3. Strings and Unicode strings
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2.4.4. Buffers
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2.5. Dictionaries
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2.6. Numbers
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2.7. Type conversions
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2.8. Files
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2.8.1. The print statement
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3. Syntax rules
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3.1. Indentation
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3.1.1. Line structure
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3.1.2. Block structure
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3.2. Special objects
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4. Variables and namespaces
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4.1. Variables
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4.1.1. Multiple assignments
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4.2. Assignments, references and copies of objects
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4.3. Namespaces
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4.3.1. Accessing namespaces
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5. Control flow
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5.1. Conditionals
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5.2. Loops
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40
5.2.1. while
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40
5.2.2. for
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5.2.3. More about loops
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6. Functions
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6.1. Some definitions
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6.2. Operators
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6.2.1. Order of evaluation
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